Москвичи получат больше информации об экологической ситуации в столице

Новосибирский экстермал подвесил себя за крюки перед зданием Оперного театра

Большой рекламный экран, мешавший спать челябинцам, снова включили

Ученые обновили дерево жизни

Как пишут исследователи, описание эволюционного родства организмов значительно продвинулось, когда для него стали использовать не физические и метаболические характеристики, а генетические исследования, в частности, РНК малой субъединицы рибосом. По состоянию на сентябрь 2015 года Обобщенная база данных микробных геномов Объединенного геномного института содержит наследственную информацию 30 437 видов организмов из всех трех доменов (надцарств): бактерий, архей и эукариот. Эти данные получены как секвенированием ДНК отдельных клеток, так и метагеномными исследованиями, при которых генетическая информация извлекается непосредственно из образцов в окружающей среде, и из полученных фрагментов ДНК реконструируются целые геномы.

Авторы работы использовали как базы данных генетической информации, так и 1011 новых геномов, обнаруженных ими в различных природных образцах. Они выстроили и объединили наборы из 16 рибосомальных белковых последовательностей каждого организма, что позволило повысить разрешение итогового дерева жизни и дополнительно защитить его от ошибок. В дерево включили по одному представителю всех биологических родов, для которых секвенированы высококачественные геномы (всего 3083 организма).

Исследователи отмечают, что положение эукариот по отношению к бактериям и археям спорно, поскольку они считаются эволюционными химерами, которые появились благодаря эндосимбиотическому слиянию с возможным вовлечением и бактерий, и архей. Поэтому было решено расположить их в дереве на основании только наследования информационных систем, а не клеточных структур.

Итоговое филогенетическое дерево содержит 92 типа бактерий, 26 типов архей и пять супергрупп эукариот. Его особенностью стало наличие многих крупных ветвей, представители которых не выделены и известны только по генетической информации. Многие из них, обладающие относительно малыми геномами и «урезанным» метаболизмом, вошли в так называемое Расхождение типов-кандидатов (Candidate Phyla Radiation). Скорее всего, многие его представители ведут симбиотический образ жизни, поскольку некоторые из них не могут синтезировать аминокислоты и нуклеотиды.

Олег Лищук